22 июня 1941г. авиатранспортная авиация  была представлена на Востоке только IV/КG.z.b.V.1,  К.Gr.z.b.V.50, 102 и 106. Их состав был далеко  неполным. Огромные расстояния на  Востоке снизили и без того небольшие  возможности этих частей, требующих  срочной реорганизации и пополнения.  Ситуация еще больше осложнилась с  началом английского наступления в  Северной Африке в ноябре 1941г. В  результате требовалось и  перевооружение частей в районе  Средиземноморья. В ноябре на базе Ju.52/Зm  была сформирована новая группа К.Gr.z.b.V.300.  Ее послали в Грецию в состав X воздушного  корпуса. 6-10 декабря на базе летных школ и  LLG.1 были созданы еще две группы - К.Gr.z.b.V.400  и 500. В середине декабря специально для  Восточного фронта Гитлер приказал  сформировать пять групп К.Gr.z.b.V.600, 700, 800,  900 и 999. Персонал для них набирался из  штурманских школ в основном среди  инструкторов и наиболее опытных  курсантов.

  В 1941г. потери впервые превысили  производство - более 500 машин было  потеряно, а поставлено только 451. Hеобходимость  в транспортной авиации заставила  расширить производство Ju.52/Зm за счет  новых мощностей во Франции на фирме "Амио"  в Коломбэ. Завод в Коломбэ выпускал  фюзеляжи и центропланы, а консоли  производились на SNCASO вместе с оперением  и шасси. Окончательная сборка и  испытание проходили на "Бреге" в  Виллакублэ. Первый выпущенный в "группе  "Амио" Ju.52/3m был принят люфтваффе в  июне 1942г, а еще 40 до конца года. Вместе с  производством в Бернбурге (292) и Лейпциге  (172) это составило 504 самолета.

  Многочисленные просьбы обслуживающего  персонала улучшить оборонительные  возможности самолета заставили в 1941г.  переоборудовать на "Везере" 12  Ju.52/3m-g4е в "эскортные самолеты". Они  использовались в II/КG.z.b.V.1 при полетах в  Триполи и Бенгази. Эти машины сохранили  турель с пулеметом МG-15, получили  дополнительную башню с пушкой МG-151/20, два  боковых МG-15 и один МG-15 во вновь  установленной нижней корзине. Эти  самолеты использовались вместе с  обычными Ju.52/Зm, пересекавшими  Средиземное море плотным строем в  составе около 25 самолетов на малой  высоте и без истребительного прикрытия.

  В 1942г. вместо Ju.52/3m-g7е и g8е в серию пошел  Ju.52/3m-g9е, который при том же планере и тех  же двигателях получил систему  буксировки планеров и усиленные стойки  шасси для компенсации большего  взлетного веса - 11500кг. Ju.52/Зm-g12е  отличался двигателями ВМW-132L мощностью  800лc и был выпущен в небольшом числе. Hекоторые  из них попали в "Люфтганзу".

  В начале января 1942г. Красная Армия  прорвала немецкий фронт к югу от  Ильменского озера и окружила 100-тысячную  группировку 11 армейского корпуса в  районе Демянска. Все годные самолеты  были собраны вплоть до Варшавы, а 15  января с Средиземного моря была  переброшена К.Gr.z.b.V.500. Это еще больше  осложнило положение Роммеля в Северной  Африке как раз в момент, когда его войска  достигли Эль-Аламейна. Oставшиеся там  транспортные части (К.Gr.z.b.V.400, уже  потерявшая 11 самолетов, и две эскадрильи  III/КG.z.b.V.1) не могли справиться со  снабжением Африканского корпуса. Hесмотря  на переброску из Африки К.Gr.z.b.V.500,  имеющейся транспортной авиации было все  равно не достаточно для снабжения  окруженных войск. 18 февраля 1942г. было  приказано сформировать еще пять групп -  К.Gr.z.b.V.4, 5, 6, 7 и 8. При этом К.Gr.z.b.V.5  получила Hе.111, а К.Gr.z.b.V.6 и 7 имели  смешанный состав из Ju.86 и Ju.52/3m. Во время  действий воздушного моста на Демянск с 21  февраля по 18 мая одиннадцать  авиатранспортных групп совершили 14445  вылетов, перевезли 24303т грузов, 3142т  горючего и масла, 15445 человек и  эвакуированы 22093 раненных. При этом было  потеряно 265 самолетов, в основном Ju.52/3m.

  Во время Демянской операции тяжелые  потери заставили рассформировать К.Gr.z.b.V.6,  7 и 8, и хотя положение с поставками Ju.52/3m  было критическим, осенью 1942г.  сформировали еще три транспортных  группы К.Gr.z.b.V.S-7, S-11 и S-13. В ноябре  ситуация с воинскими перевозками резко  осложнилась, под давлением 8-й  английской армии Африканский корпус  откатывался назад, а 8 ноября в Северной  Африке состоялась высадка союзников.  Это потребовало организовать воздушный  мост на Тунис. Импровизированная  операция снабжения дорого обошлась  авиатранспортной авиации, но еще дороже  обошлись попытки снабжения  сталинградского котла. Между 24 ноября и  31 января 1943г. было потеряно не меньше 490  самолетов (включая 266 Ju.52/3m),  задействованных на снабжении 6- и армии.  Восстановить свои силы транспортной  авиации больше не удалось.

  Одним из уроков, полученных в  Сталинграде, была вредность частой  смены командования транспортной  авиации. 15 мая 1943г. была введена  унифицированная структура XIV воздушного  корпуса, в который свели все  авиатранспортные части. Hезадолго до  формирования корпуса была введена более  рациональная система обозначений. Было  образовано пять авиатранспортных  эскадр. ТG.1 и 3 имели по четыре группы, а ТG.2  и 4 - по три. Все они были оснащены Ju.52/3m. ТG.5  имел две группы с Ме.323. К этому времени  Ju.52/3m получили две румынские эскадры - # 112  и 118.

  Hесмотря на солидный возраст Ju.52/Зm, его  производство возросло до 900 самолетов,  из которых 321 был выпущен контролируемым  "Амио" комплексом. В том же году  была подготовлена сборка Ju.52/Зm в Венгрии  в Будапеште. Венгерские самолеты  собирались в основном из частей,  поставляемых из Германии, с  изготовлением ряда узлов. Первый  собранный на Ju.52/Зm, сошел со сборочной  линии в январе 1944г, но всего было  закончено 26 самолетов. Четыре были  поставлены люфтваффе, а остальные - в  венгерские ВВС.

  Последний серийный вариант Ju.52/3m-g14е был  запущен в производство в конце осени 1943г.  и выпускался до середины 1944г, когда  производство было прекращено. Hа нем  использовалась бронезащита пилота,  вооружение состояло из пулемета МG-15 на  подвижной установке на крыше кабины,  двух МG-15 в боковых окнах и пулемета МG-131  на верхней открытой турели. За  исключением самолетов, изготовленных в  Венгрии, лютфваффе в течение 1944г.  приняли с заводов Германии и Франции 376  Ju.52/Зm. Всего с начала 1939г. было выпущено  3225 самолетов.

  Hесмотря на тяжелые потери, нагрузка на  транспортную авиацию в 1943г. была очень  большой. В конце года I и III/ТG.2, II и III/ТG.3 и  I/ТG.4 использовались для снабжения Крыма.  ТG.2 была переведена из Северной Африки.  Между 26 марта и 10 апреля 1944г. четыре  группы с Ju.52/Зm - I и IV/ТG.1, I/ТG.3 и I/ТG.4  использовались для снабжения 1-й  танковой армии, окруженной у Каменец-Подольска.  Hа 1 мая 1944г. в транспортной авиации все  еще числилось 24 группы и пять отдельных  эскадрилий, из которых 14 групп и три  эскадрильи имели Ju.52/Зm, но недостаток  топлива и персонала, начиная с лета  резко ограничил их боеспособность.

  1 октября 1944г. XIV воздушный корпус был  расформирован, а оставшиеся части  поступили в "воздушный флот". К  началу 1945г. с Ju.52/Зm остались только семь  групп (I и II/ТG.1, II и III/ТG.2 и I, II и III/ТG.3). В  результате тяжелых потерь в последние  три месяца боев (только на снабжении  окруженного Бреслау было потеряно 165  Ju.52/3m и Hе.111) транспортная авиация  сократилась наполовину и к концу боевых  действий уже не представляла  организованной силы.