Hесмотря на то, что с началом войны  люфтваффе не собирались использовать в  боях Ju.86, самолет тем не менее летом 1940г.  совершил свой боевой дебют. Хотя интерес  к дизельным установкам на  бомбардировщиках поугас, "Юнкерс"  продолжала настаивать на доводке Jumo-205 и  в 1939г. выпустила его высотную версию -  Jumo-207 с двумя центробежными  нагнетателями - первый с приводом от  выхлопа, второй - с механическим  приводом и с промежуточным охладителем.  Одновременно провели исследования по  высотным полетам с использованием  гермокабин. В сентябре 1939г. министерство  авиации получило предложение  переделать Ju.86 в сверхвысотные  разведчики и бомбардировщики.

  Этот проект, называемый на "Юнкерсе"  Ju.86h, был принят РЛМ с энтузиазмом. Была  одобрена переделка трех самолетов,  получивших обозначение Ju.86Р. Переделка  включала снятие с Ju.86d стрелковых  установок и новую носовую часть под  двухместную гермокабину. Остекление  кабины и носовой части состояло из  двойных плексигласовых панелей с  осушенным воздухом между стеклами.  Давление в кабине поддерживалось  эквивалентное высоте 3000м наддувом от  левого двигателя. Доступ в кабину был  через нижний люк.

  Шестицилиндровые дизели Jumo-207А-1  развивали на взлете 950л.с. Первым опытным  стал Ju.86p-V1 (D-AUHB), полетевший впервые в  феврале 1940г. В марте полетел второй - V2.  Еще в начале испытаний была достигнута  высота 10000м. Вскоре было установлено, что  еще более высокие результаты можно  получить при большей площади крыла. Hа  третий Ju.86p-VЗ установили консоли  большего размаха - до 25.6м. С этими  доработками потолок достиг 12100м. Hа  высоте 11000м полет мог продолжаться два с  половиной часа. Эти полеты были  настолько успешными, что еще до  окончания испытаний РЛМ  санкционировало переделку 40 Ju.86d в Ju.86p.

  Ju.86p выпускался в двух вариантах:  высотный бомбардировщик Ju.86p-1, способный  нести 4*250кг или 16*50кг бомб; высотный  разведчик Ju.86p-2 с тремя автоматическими  фотокамерами. План боевого полета  включал набор высоты 11000м через 45 минут  после взлета и пролета 265км. После этого  полет продолжался на данной высоте, на  крейсерской скорости 345км/ч. В 200км до  цели начинался медленный набор высоты  до 12000м. Эта высота достигалась в 100км от  цели. В 50 километрах пилот убирал газ,  чтобы подобраться незаметно и неслышно.  Сброс бомб осуществлялся с высоты 9500-10000м.  Далее пилот давал газ и опять набирал  высоту до 12000м. Оборонительного  вооружения не было. Запас топлива  состоял из 1000 л, что обеспечивало  четырехчасовой полет. Взлетный вес Ju.86p-1  был 10400кг, Ju.86p-2 - 9500кг.

  Летом 1940г. один из опытных Ju.86p был  передан в разведывательную группу  верховного командования люфтваффе во  главе с Ровелем для проведения  войсковых испытаний. При этом  выполнялись разведывательные полеты  над Британией на высоте 12500м. Самолет не  удавалось даже обнаружить. Hесколько  Ju.86p-1 и Р-2 были поставлены во 2-ю  эскадрилью этой группы. В течение 1940г.  они совершили ряд разведывательных  полетов над Британскими островами. В  январе 1941г. в группе была сформирована  четвертая эскадрилья - 4./Аufkl.Gr.Ob.d.L, еще  известная как "испытательный центр  высотных полетов". Помимо ряда других  самолетов, она получила Ju.86p-1 и Р-2.  Действуя из Северной Германии  эскадрилья совершала боевые и  разведывательные полеты над  Британскими островами. Она также вела  фоторазведку над территорией СССР. При  этом эскадрилья действовала с  аэродромов Будапешта и Кракова. С  началом вторжения в Советский Союз на  Восточный фронт были переброшены три  эскадрильи группы, а 4-я осталась на  Западе и продолжала вести разведку с  предельных высот.

  С расформированием в январе 1942г. 4./Aufkl.Gr.Ob.d.L  была создана опытная часть верховного  командования, а Ju.86p были переведены в 1-ю  эскадрилью, которая продолжила их  использование. В мае 1942г. несколько Ju.86p-2  было переброшено на Средиземноморский  театр, где они вошли в состав 2.(F)/Aufkl.Gr.123  на Крите. Ju.86p-2 беспрепятственно вели  разведку над Египтом до 24 августа, когда  один из разведчиков был перехвачен над  Каиром на высоте 11300м специально  подготовленным "Спитфайром"-V. Во  время долгой погони оба самолета  набрали высоту 12800м, когда правый  двигатель Ju.86p-2 загорелся и самолет упал  в море. Разведчик срочно был вооружен  одним пулеметом МG-17, закрепленным  неподвижно назад. Вскоре над Абукиром  высотными "Спитфайерами"-V были  сбиты еще два Ju.86p-2. 2.(F)/Aufkl.Gr.123 была  единственной разведэскадрильей на  восточном Средиземноморье. Она  подчинялась непосредственно  командованию "Зюд-Ост". Hа ее  вооружении были Ju.86p и Ju.88d, но число  первых быстро сокращалось, и к августу  1943г, когда часть была переведена в  Грецию, в ней остались только два  нелетных Ju.86p.