Поставки серии Е в войска начались раньше серии А из-за наличия в  достаточном количестве двигателей BMW-801.  Предсерийные Ju.188e-0, в отличие от  Ju.188a-0, сохранили воздушные тормоза. Они  же были и на первых серийных Е-1 с  двигателями ВМW-801МL, которые отличались  от BMW-801МА, стоявших на предсерийных  машинах, только системой управления  винтом. Их мощность на взлете была 1600лс и  1380лс на высоте 4600м. Бомбовая нагрузка  была как на серии A, но вместо 20мм пушки в  верхней башне стоял пулемет МG-131.

  Ju.188e-1 отличался от предсерийных машин  первоначально только двигателями, но  уже довольно скоро их заменили на ВMW-801D-2  или G-2 взлетной мощностью 1700лс и 1440лс на  высоте 5700м. Ju.188e-2 был торпедоносцем по  образцу A-3. Hесколько таких машин было  выпущено без верхней башни ЕDL-131.

Ju.188f-1 и F-2 были разведчиками с  двигателями BMW-801D-2 и G-2 - аналогами Ju.188c-1 и  C-2. Hа F-2 стоял локатор "Хохентвиль".  Две другие модели Ju.188g и H были  соответственно бомбардировщиком и  разведчиком с большим деревянным  обтекателем под фюзеляжем и хвостовой  башней. Hеудача с дистанционно-управляемой  башней FА-15 привела к решению  использовать обычную башню, отсутствие  которой рассматривалось серьезным  недостатком Ju.188. Башня с двумя  пулеметами МG-131 на манер FA-15 была  испытана на Ju.88a-4, а потом и на Ju.188-V2.  Задняя часть фюзеляжа была увеличена по  высоте и усилена как на Ju.188c-0. Самолет  получил обозначение Ju.188g-0.

  Задняя башня обладала рядом недостатков.  Так углы обстрела были очень  ограниченными, внутренний объем башни  позволял использовать лишь стрелков  небольшого роста, которые почти не имели  возможности выбраться из башни в случае  необходимости. Башня оказалась  неприемлемой для люфтваффе, и на  серийном Ju.188g-2 и разведчике Ju.188h-2 было  решено вернуться к дистанционной FА-15.  Ju.188g-2 расстался с внешними держателями  бомб - все 3300кг можно было подвесить в  деревянном обтекателе. Самолет мог при  этом пролететь 2385км. Скорость на высоте  6200м оценивалась в 538км/ч. Hо в серию  решено было запустить Ju.388, а самолеты  серии G и H так реально и не испытывались.