С апреля 1944 г на двух сборочных линиях Ме 410А был заменен на Ме.410В,  который конструкционно походил на  предшественника, а отличался  двигателями DB 603G с увеличенным наддувом  и степенью сжатия, развивавшими на  взлете 1900 л.с. при 2700 оборотах. Me 410B-1 и B-2  были соответственно "шнельбомбером"  и "охотником". Me 410B-1/U2 и U4 несли "наборы"  вооружений аналогичные модификации А-1.  Me 410B-2/U2 имели также WB 151 с парой 20-мм пушек  MG 151, а на Me 410B-2/U4 - 50-мм пушку с заменой  обычного наступательного вооружения на  две 30-мм пушки MK 103. В люфтваффе было  поставлено до сотни "наборов" с  одной пушкой ВК 5 и парой МК 103. Они  ставились на Me 410B-2 в передовых частях  технического обслуживания.

  В качестве альтернативы WB 151 для борьбы с  бомбардировщиками были подготовлены  еще несколько "наборов полевой  установки", включая R2 с WB 108 (пара 30-мм  пушек МК 108), R3 с WB 103 (пара 30-мм пушек МК 103)  и R5 с четырьмя 20-мм пушками MG 151 - любой из  них мог ставиться на место WB 151. Их  использование обозначалось  соответственно Me 410B-2/U2/R2, R3 и R5. Кроме  того на фронте использовался "набор"  R4 из "ваффентропен"-151 - внешний  контейнер с двумя 20-мм пушками MG 151,  который ставился вместе с WB 151.

  Hа Ме 410 испытывались и другие образцы  вооружения, включая 37-мм пушку ВК 3,7,  которая в апреле 1944 г была установлена  вместо ВК 5 на несколько самолетов, но  ранее на Ме 410А-1 было испытано и более  экзотическое оружие. В январе 1944 г на  самолете в Рехлине была установлена  револьверная, вращающаяся пусковая  установка для 21-см ракет. Одна из  пусковых установок выступала за контур  фюзеляжа. За счет быстрого поворота  барабана все шесть ракет можно было  выпустить за один заход. Первые стрельбы  были проведены 3 февраля 1944 г, но  оказались неудачными - планер получил  серьезные повреждения. Правда, доводка  этого образца продолжилась. Ее удалось  поставить еще на нескольких самолетах  для проведения войсковых испытаний.

  К 8 мая 1944 г вышел приказ верховного  командования люфтваффе о  переоборудовании всех бомбардировщиков  Me 410A-1 и В-1 в истребители A-1/U2 и B-1/U2, правда,  реально Ме 410 в качестве  бомбардировщиков использовали только I  и II/KG 51 в составе IX воздушного корпуса.  Как следствие по этому приказу  переоборудование прошли только  несколько Ме 410, а KG 51 вообще в конце лета  сменила их на Ме 262. Кроме поступления  небольшого числа Me 410 в группу "ночников"  I/NJG 1 в апреле и I/NJG 5 в мае, самолет в  основном использовался в  разведывательных группах и в группах  "охотников". Первые получали и Me  410B-3, которые отличались от А-3 только  двигателями. Весной 1944 г I/ZG 1,  переформированная на Ме 410, была  перемещена во Францию в состав X  воздушного корпуса. С аэродрома в Лорене  группа использовала Ме 410 для удара по  кораблям противника. I/ZG 1 также успела  получить до вывода в Германию и Me 410B-6,  которые имели поисковый локатор "Хохентвиль"  FuG 200 и WB 103, а 7,9-мм пулеметы были заменены  на 13-мм MG 131.

  В течение лета и осени 1944 г Ме 410  использовались в эскадрах "охотников"  ZG 1, 26 и 76, главной целью которых стала  защита неба над Германией. Хотя они были  хороши против американских дневных  бомбардировщиков, против истребителей  эскорта "Мустанг" у них не было  никаких шансов. Число Ме 410 довольно  быстро сократилось в два раза. С  сентября 1944 г этот процесс пошел еще  быстрее - была принята "срочная  истребительная программа", и  производство Ме 410 было прекращено.  Всего за год было поставлено 702 самолета,  из которых 258 выпустила "Дорнье".  Это довело общее число Ме 410, включая  переделанные из Ме 210, до 1160. К концу 1944 г  кроме IV/ZG 26, оставшейся в Норвегии,  практически все Ме 410 находились в  составе разведывательных эскадрилий.

  К моменту прекращения производства, и  как следствие прекращения дальнейшего  развития серии В, активно работали над  вариантом бомбардировщика-торпедоносца  Me 410B-5, который успели испытать. Самолет  имел локатор FuG 200 и наступательное  вооружение из пары 20-мм пушек MG 151. Ме 410В-5  был предназначен для использования  различных вариантов "торпедо-бомбового  вооружения" (BT-Korper). Для увеличения  дальности полета боковые установки FDSL  могли сниматься, а вместо них в  бомбоотсек ставился дополнительный  топливный бак на 650 л. Вся боевая  нагрузка подвешивалась снаружи - две 400-кг  бомбы BT 400 под фюзеляжем или там же две 200-кг  BT 200 и четыре BT 200 под консолями. Можно  было подвесить и 1800-кг торпеду SC 1800 (бак в  отсеке при этом снимался), 900-кг торпеда LT  5b или 760-кг LT 5i.

  Hа Me 410A испытывались и другие варианты  вооружения, предназначенные для Me 410B-5,  включая 800-кг бомбу SB 800 RS "Курт" (испытания  которой проводились в Померании летом  1944 г), специально спроектированную 1000-кг  бомбу SB 1000/400 с корпусом большого  удлинения для снижения воздушного  сопротивления (стабилизация при сбросе  осуществлялась парашютом), а также  планирующую торпеду L 10 "Фридензенгель"  (LT 950). Эта 950-кг торпеда представляла  собой настоящий планер с подвеской  обычной торпеды, к которому на 10  метровом тросе крепился специальный  датчик ("самолетик"). После сброса с  носителя "Фридензенгель"  планировал к цели. В момент, когда "самолетик"  цеплялся за воду, торпеда сбрасывалась,  чем обеспечивался правильный угол ее  входа в воду. Испытания проводились на Me  410A в течение 1944 г с отличными  результатами.

  В серию также не попали Me 410B-7 и В-8 -  дневной и ночной разведчики с обычным  вооружением. Последний должен был нести  в бомбоотсеке осветительные бомбы.