После испытания на Hе.111-V6 (D-AXOH) - бывшем Hе.111b-0 - двигателя "Юнкерc"  Jumo-210Gа взлетной мощностью 700лс и 730лс на  высоте 1000м, пришли к заключению, что он  не подходит для Hе.111. В результате  самолет переоснастили на Jumo-211А-1 -  гораздо более мощный двигатель,  дававший на взлете 1000лс и 960лс на высоте  1500 м. Позже V6 был передан "Юнкерсу"  для испытания винтов изменяемого шага.  Первым настоящим самолетом серии Е стал  V10 (D-ALEQ), переделанный из Hе.111d-0.

  Первый Hе.111e-0 с двигателем Jumo-211A-1  появился в январе 1938г. От D-1 он отличался  только двигателями и полуубираемыми  радиаторами - их практически  переделывали из уже заложенных машин.  Максимальная нагрузка возросла до 1700кг,  а взлетный вес до 10300кг. Серийные Hе.111e-1  стали выпускаться с февраля 1938г.  Максимальная бомбовая нагрузка была  увеличена до 2000кг, а взлетный вес до 10600  кг.

  Тем временем Hе.111b из К/88 добились  довольно значительных успехов в боях  над Испанией, а потери были чрезвычайно  низкими, несмотря на то, что полеты в  основном совершались днем и без  истребительного прикрытия. Было решено  вооружить Hе.111 все четыре эскадрильи К/88.  В марте 1938г. первые из 45 Hе.111e-1 достигли  Испании, где полностью повторили успех  предыдущий модели. За все это время  оборонительное вооружение Hе.111 не  изменилось. Сравнительно слабое  противодействие, с которым столкнулись Hе.111  из К/88, навело немецкое командование на  мысль, что слабовооруженные, без  истребительного прикрытия  бомбардировщики смогут и дальше  выполнять свои задачи. Это заблуждение  было рассеяно только боями над  Британией двумя годами спустя.

  С весны 1938г. эскадрильи Hе.111 в К/88 стали  пополняться испанским персоналом, из  которого формировались смешаные  экипажи. В августе 1938г. на базе Hе.111 была  сформирована "групо" 10-G-25 в Леоне. К  моменту прекращения боевых действий "групо"  в Лограно имела 58 Hе.111b-1, В-2 и Е-2 из 75  посланных в Испанию. Они были сведены в  14-ю и 15-ю группы в Лограно и Сарагосе. Hесколько  Hе.111b и Е оставались на вооружении до  конца 50-х годов.

  Еще в начале производства Hе.111e, после  внесения изменений в оборудование, стал  выпускаться серийно вариант Е-З - самый  массовый в серии Е. Его сменили Е-4 и Е-5,  выпускавшиеся в небольшом числе. Если Hе.111e-3  и Е-1 несли бомбы на внутренней подвеске,  то Hе.111e-4 получили подфюзеляжные  держатели с электросбросом. Hе.111e-5  получил дополнительные фюзеляжные баки  общей емкостью 830 л.