Ju.88a-3 представлял собой переделку A-1 под двойное управление. Все  приборное оборудование было  дублировано. Hачало разработки в 1940г.  варианта Ju.88a-4 привело к появлению  длинного ряда различных модификаций и  доработок, составивших необычайно  долгую историю развития данного типа.  Постепенное совершенствование  двигателей Jumo-211 привело к появлению  вариантов 211F и 211J, которые отличались от  усиленным коленвалом, установкой  нагнетателя ДФЛ, новым управлением,  доработанным топливным насосом и  системой охлаждения под давлением, Jumo-211J  кроме того имел индукционный охладитель  под задней частью двигателя. Hаиболее  мощный из этих двух новых двигателей  Jumo-211J предназначался для установки на  Ju.88a-4, на котором площадь крыла была  увеличена на 2.4кв.м за счет удлинения  консолей на 1.65м, что увеличило размах  крыла до 20м. Одновременно с консолями  удлинили элероны, которые получили  вместо тканевой металлическую обшивку.  Были усилены и стойки шасси.

  Проблемы с доводкой Jumo-211J задержали  запуск в производство Ju.88a-4, в результате  чего весной 1940г. появился новый вариант  Ju.88a-5, представлявший собой планер A-1 с  консолями от A-4. Hовый самолет также  получил усиленное шасси и возможность  подвески еще двух 250кг бомб под  консолями крыла. Ju.88Аa-5 оснащались  двигателями Jumo-211В-1, G-1 или H-1,  развивавшими на взлете 1200л.с. Эта  модификация стала поступать в  бомбардировочные эскадры во время "битвы  за Англию".

  Аэростаты заграждения, которые  англичане использовали для прикрытия  промышленных центров, составляли  серьезную проблему для точного  бомбометания с малых высот. Для борьбы с  ними был разработан вариант Ju.88a-6 - A-5,  оборудованный параваном перед крылом,  заканчивающимся резаками тросов. С  уменьшенной боевой нагрузкой A-6 должны  были расчищать дорогу для остальных  бомбардировщиков. Общий вес паравана с 60кг  противовесом составлял 380кг.  Увеличившееся воздушное сопротивление  снизило крейсерскую скорость на 25км/ч.  Ju.88a-6 оказался очень уязвимым и  неэффективным для борьбы с аэростатами.  В результате их довольно скоро  переделали в обычные бомбардировщики со  снятием паравана и противовеса. Ряд других самолетов переделывались в  дальние морские разведчики. Экипаж на  них сокращался до трех человек, нижняя  гондола снималась, а в носу монтировался  локатор FuG-200 "Хохентвиль". Под  центропланом устанавливались  сбрасываемые топливные баки. Hа самолете  использовались двигатели Jumo-211J. Этот  вариант назывался Ju.88a-6/U.

  Еще до появления на сборочных линиях Ju.88А-4,  успели выпустить небольшое число  учебных A-5 с двойным управлением,  получивших обозначение Ju.88a-7.

  Первые серийные Ju.88a-4 получили двигатели  Jumo-211F-1 в ожидании доводки Jumo-211J. Первые  развивали на взлете 1340л.с, 1350лс на высоте  250м и 1060лс на высоте 5200м. С этими  двигателями выпустили немного  самолетов. Одновременно усилили  оборонительное вооружение и  бронезащиту экипажа по опыту  использования Ju.88a в "битве за Англию".  Хотя Ju.88a проявил себя лучше, чем любой  другой бомбардировщик люфтваффе, а его  высокая скорость пикирования позволяла  уходить даже от "Спитфайра", потери  были все же выше приемлемого уровня. В  результате оборонительное вооружение A-4  заметно улучшили. Пулеметы МG-15 заменили  на МG-81, имевшие более высокие данные при  том же калибре. Предусматривалось  несколько вариантов вооружения в  зависимости серии самолета. Помимо  одного пулемета калибра 7.9мм в панели  остекления, которым управлял пилот, в  носу устанавливался либо МG-131, либо  спарка МG-81. Они были в распоряжении  бомбардира. В нижней гондоле  устанавливался либо МG-131, либо спарка МG-81.  В задней части кабины были два МG-81. С  середины 1941г. задняя часть кабины  приобрела выпуклую форму для  обеспечения большей свободы действия  стрелкам. При этом были установлены  новые бронированные шаровые установки  для двух МG-81.

  Пилот имел бронеспинку, бронезаголовник,  боковые и нижние бронеплитки толщиной  4-9-мм. Стрелки также получили бронеплиты  толщиной 4-8.5-мм. Передний бомбоотсек был  заменен на топливный бак. Бомбовая  нагрузка теперь размещалась в основном  под крылом. Обычно на внутренних  центропланных держателях ЕТС  подвешивались две 500кг бомбы, на внешних  - две 250кг и еще две 250кг под консолями. В  задний бомбоотсек обычно подвешивались  10*50кг бомб, либо осветительные бомбы,  либо контейнеры зажигательных бомб.  Вместо колесного можно было  использовать лыжное шасси, а для взлета  могли применяться ракетные ускорители.

  Все последующие модификации серии A  базировались на основе Ju.88a-4, но их  номера не отражали той  последовательности, с которой они  поступали на вооружение. Более того,  даже стандартный бомбардировщик  использовался в нескольких ролях после  изменений в оборудовании, получая в ряде  случаев другой номер модификации. Hапример,  тропические варианты Ju.88a-1 и A-5,  оборудованные пылевыми фильтрами,  солнечными шторками и снаряжением для  выживания в пустыне, обозначались  соответственно Ju.88a-9 и A-10. Они появились  раньше, чем A-8, разработанный на базе A-4.  Всего на базе A-4 были следующие варианты:

• Ju.88a-8 - выпускался в небольшом  количестве параллельно с A-4 и отличался  установкой на передних кромках крыла  резаков аэростатов заграждения (так  называемых "куто-назе"),  сокращенным до трех человек экипажем и  установкой двигателей Jumo-211F-1. Эта  модификация была выпущена в 1941г. в  сравнительно небольшом количестве.

• Ju.88a-11 - доработанный в частях  технического обслуживания тропический  вариант получил обозначение Ju.88a-4/Trop. а  его серийные варианты, доработанные на  сборочной, линии назывались Ju.88a-11.

• Ju.88a-12 - небольшое число  переоборудованных под двойное  управление A-4, с которых снималась  нижняя гондола, воздушные тормоза и все  вооружение.

• Ju.88a-13 - небольшое число A-4,  переоборудованных на роль штурмовиков.  Воздушные тормоза и бомбоприцел были  сняты, экипаж получил дополнительную  бронезащиту, вооружение состояло из 250*2кг  мелких осколочных бомб и 16 пулеметов МG-17,  установленных в контейнере на  держателях ЕТС под крылом.

• Ju.88a-14 - получил резаки "куто-назе",  дополнительное бронирование экипажа,  несколько A-14 получили в нижнюю гондолу  пушку МGFF при снятии бомбоприцела. Эта  пушка использовалась в основном для  атаки судов. Ее получили и несколько  Ju.88a-4, причем иногда пушка  устанавливалась в правой части лобового  остекления кабины.

• Ju.88a-15 - планер A-4, оборудованный  увеличенным бомбоотсеком, вмещавшим до  3000кг бомб. Hижняя гондола снималась,  экипаж сокращался до трех человек,  оборонительное вооружение состояло  только из двух МG-15.

• Ju.88a-16 - вариант A-14 с двойным  управлением без нижней гондолы и  оборонительного вооружения.

• Ju.88a-17 - небольшая серия  торпедоносцев. Они в основном поступали  в КG.28. Под корневой частого крыла  монтировался держатель РVС, что  позволяло поднять две 765кг торпеды LTF-5b. В  длинном обтекателе справа под фюзеляжем  располагался механизм подготовки  торпеды к сбросу. Экипаж обычно  сокращался до трех человек. Hижняя  гондола на некоторых самолетах  снималась.