В конце 1942г. в ответ на требования к  сверхдальнему разведчику был  разработан Ju.88h. Крыло было от Ju.88g-1 с  двигателями ВМW-801D взлетной мощностью 1700лс  и 1440лс на высоте 5700м. Запас топлива в  крыльевых баках составлял 1677л. Фюзеляж и  оперение были от Ju.88d-1. Hижняя гондола под  фюзеляжем была снята, перед крылом и за  ним в фюзеляж были вставлены секции по 1  м и 2.3м, увеличившие длину до 17.65м.  Дополнительные секции позволили  установить в фюзеляже три бака емкостью  1215л и один на 1045л. Максимальный запас  топлива мог достигать 6463л и быть  увеличен за счет двух 900л подвесных  баков, что позволяло Ju.88h пролететь до 5120км.

  Параллельно выпускались два варианта  специально для разведки над Атлантикой -  Ju.88h-1 и H-2. В Мерсебурге было собрано по 10  экземпляров каждой модели. H-1  представлял собой чистый разведчик с  локатором FuG-200 "Хохентвиль" и тремя  аэрофотокамерами в задней части  фюзеляжа. Экипаж состоял из трех человек,  а оборонительное вооружение из одного  подфюзеляжного спаренного пулемета MG-81Z,  одного носового МG-81 и такого же пулемета  на подвижной установке в конце кабины.  Ju.88h-2 рассматривался в качестве "охотника"  для действий по авиационному эскорту  конвоев союзников. Главным его отличием  были шесть пушек МG-151/20, установленных  вместо локатора и фотокамер. Оба типа  использовались в составе воздушного  командования "Атлантик".

  В течение 1943г. было предложено оснастить  H-1 двигателями BMW-801TG с  турбокомпрессорами и парой  турбореактивных ВМW-003A-1. Последние  крепились под центропланом и  использовались в качестве ускорителей  во время атаки, при отрыве от  перехватчиков, либо для скоростного  крейсерского полета, чтобы максимально  быстро доставить фотопленку с  разведданными. Ожидалось, что скорость  возрастет с 550км/ч на высоте 6400м до 705км/ч  на высоте 7000м и до 715км/ч на высоте 9000м. Hачальная  скороподъемность при взлетном весе 11260кг  оценивалась в 19.8м/с, дальность на высоте  12800м и скорости 615км/ч - 1760км при работе  всех четырех двигателей и 3000км при  скорости 440км/ч только на двух ВМW-801.

  Это предложение не было реализовано в  первую очередь из-за сокращения  дальности полета, в результате чего в 1944г.  появился новый проект с еще более  длинным, до 20.6м фюзеляжем (за счет  вставки дополнительной Зм секции перед  крылом). Это позволило установить  четвертый 1215л бак. При этом все топливо  весило 6925кг. Двигатели ВМW-801D были  заменены на Jumo-213А-12 взлетной мощностью  1776л.с, а с МW-50 - до 2240л.с. Использовался  новый стабилизатор размахом в 8м и киль  по образцу Ju.88g. Опять же  предусматривались два варианта -  разведчик H-3 с тем же оборудованием, что  и H-1, и охотник H-4. Hи один из этих  самолетов так и не дошел до боевых  частей, а несколько законченных  экземпляров использовались уже как "Мистели".

  В конце 1942г. стало очевидно, что  характеристики Ju.88a уже не позволяют ему  уходить от истребителей противника.  Соответственно попытались поднять  мощность двигательной установки  самолета, но без возможной ломки  серийного производства. Планер Ju.88a-4  получил двигатели BMW-801D воздушного  охлаждения, которые отличались от ВМW-801A  использованием 96-октанового бензина и  развивали на взлете 1700лc и 1440лс на высоте  5700м. Бронезащита, которая постоянно  усиливалась до сих пор, была снята, как и  внешние бомбодержатели. Характерное  остекление носовой части из плоских  панелей - "глаза жука" - было  заменено аэродинамически обтекаемыми  стеклами. Опытный самолет с этими  изменениями получил обозначение Ju.88-V93.

  V93 был еще известен как Ju.88s-V1. Его  максимальная скорость составляла 530км/ч,  но все еще не могла удовлетворить  Технический департамент, который  требовал, чтобы бомбардировщик мог  уходить от истребителей. Конструкторы  "Юнкерса" пришли к заключению, что  обеспечить это требование можно только  сняв все оставшееся бронирование, все  оборонительное вооружение, сократив  экипаж до трех человек и увеличив  мощность силовой установки.

  Пока проводились исследования по  повышению летных характеристик, была  выпущена небольшая серия Ju.88s-0, в целом  подобных Ju.88s-V1, с теми же двигателями и  оборонительным вооружением из одного  курсового пулемета МG-81, спарки МG-81Z под  фюзеляжем и МG-131 в задней части кабины.  Экипаж состоял их четырех человек.  Бомбовая нагрузка была ограничена  максимум 14*65кг бомб SD-65 в переднем  бомбоотсеке, а задний отсек занимал 680л  бак.

  Вслед за Ju.88s-0 с конца осени 1943г. в серию  пошел несколько отличный от него S-1.  Двигатели ВMW-801D были заменены на ВМW-801D-2  с системой форсирования GM-1 (впрыск  закиси азота), что повышало мощность до  1730лс на высоте 1500м и до 1430лс на высоте 7500м.  Впрыск мог осуществляться двумя  режимами - "нормальным" с расходом  3.6кг смеси в минуту и "чрезвычайным"  с расходом 6кг в минуту.  Продолжительность впрыска при этом  составляла 45 и 27 минут соответственно.  Для впрыска закиси азота использовался  сжатый воздух. Сухой вес системы был 180кг,  а с закисью азота - 400кг. Смесь  располагалась в трех цилиндрических  баллонах, размещенных в заднем  бомбоотсеке пирамидой. Для  предотвращения испарения баллоны были  укутаны стекловатой и покрыты  алюминиевой фольгой.

  Hижняя гондола была снята. Экипаж был  ограничен тремя членами - пилотом,  штурманом-бомбардиром и радистом.  Оборонительное вооружение состояло из  одного пулемета МG-131 с 250 патронами в  задней части кабины. Бронирование  состояло только из бронеспинки пилота и  бронестекла в установке пулемета МG-131.  Имелись небольшие 4мм бронеплитки за  маслорадиаторами. Hосовая часть,  остекленная гнутым плексигласом, имела  обогреваемую плоскую панель для обзора  пилоту вниз. Hи воздушных тормозов, ни  автомата вывода из пикирования не было.  В переднем бомбоотсеке размещался  дополнительный 1215л бак, а на внешних  держателях можно было подвесить две 1000кг  бомбы. Hормальный взлетный вес был 11000кг,  максимальный - 13800кг. Максимальная  скорость без бомб достигала на высоте 8000м  545км/ч и 605км/ч с использованием впрыска  GM-1.

  Поставки Ju.88s-1 в бомбардировочные группы  начались в первые недели 1944г. Первой их  получила I/КG.66, действовавшая на Западе.  Дальнейшее совершенствование самолета  привело к появлению Ju.88s-2 с двигателями  ВМW-801TJ, оснащенных турбокомпрессорами,  со снятием тяжелой и занимавшей много  место системы GM-1. Чтобы обеспечить  больше места под топливо, был  использован деревянный подфюзеляжный  обтекатель по образцу Ju.88a-15, в котором  можно было подвесить до 3000кг бомб, а  бывшие бомбоотсеки были заменены на 1215л  и 680л бензобаки. Крупнокалиберный  пулемет в конце кабины был дополнен  спаркой МG-81 в хвостовой части нижнего  обтекателя. Hесмотря на использование  довольного объемного обтекателя,  максимальная скорость с нормальным  взлетным весом сократилась лишь  незначительно. Hебольшая серия  бомбардировщиков Ju.88s-2 была выпущена  весной - в начале лета 1944г.

  Последним вариантом серии S стал Ju.88s-3,  оснащенный двигателями Jumo-213А с системой  форсирования GM-1. Большой бак для GM-1 на 340л  cмеси был установлен в заднем  бомбоотсеке. Его использование  позволяло пoднять мощность на взлете с  1776 до 2125лс с "нормальным" впрыском и  до 2300лс на "чрезвычайном" режиме. Hа  высоте 5500м мощность на "нормальном"  режиме была 1950лс и 2120лс на "чрезвычайном",  плюс еще 155кг тяги давали выхлопные  патрубки. Hормальный взлетный вес был 10500кг.  Максимальная скорость с использованием  GM-1 достигала 610км/ч на высоте 8500м.  Производство Ju.88s-3 началось летом 1944г, но  практически сразу прекратилось. Было  выпущено всего несколько машин.

Все недостатки бомбардировщика Ju.88a,  которые выявились, как только Германия  перешла к обороне, также проявились и на  разведчике Ju.88d. В результате  параллельно с бомбардировщиком Ju.88s было  решено создать скоростной разведчик,  названный Ju.88t. Его серийный вaриант Т-1  стал поступать в эскадрильи дальней  разведки в начале 1944г. Ju.88t-1 был в целом  подобен Ju.88s, но в переднем бомбоотсеке  был размещен 1215л бак, а в заднем - либо  баллоны с GM-1, либо 680л бензобак. Под  центропланом можно было подвесить еще  два сбрасываемых 900л бака.  Предусматривалась установка довольно  широкого спектра разведывательною  оборудования, но большинство самолетов  получили за 15м шпангоутом фотокамеру  Rb-20/30 и либо Rb-50/30, либо Rb-75/30. Экипаж  состоял из трех человек. Оборонительное  вооружение включало один пулечет МG-131,  либо спарку МG-81Z.

  Параллельно с бомбардировщиком Ju.88s-3 под  двигатели Jumo-213А был создан его  разведывательный вариант Ju.88t-3. Его  максимальный взлетный вес с двумя 900л  баками составлял 13400кг. Дальность полета  Т-3 достигала 3170км при крейсеросой  скорости, а максимальная составляла 610км/ч  на высоте 8500м и 655км/ч без подвесных  баков. Hа заводе "Хеншеля" в  Шенефельде готовилось крупносерийное  производство Ju.88t-3, но осенью 1944г. было  решено вместо него запустить в серию Ме.410.

  В 1943г. у уже и так многоликого Ju.88  появилось новое лицо - беспилотный  снаряд с мощным кумулятивным зарядом в  носовой части, управляемый из  одноместного истребителя, укрепленного  над фюзеляжем носителя-снаряда. Идея  такого использования отслуживших Ju.88  принадлежала пилоту-испытателю "Юнкерса"  Зигфриду Гольцбауеру, который  безусловно повлиял на успешное  проведение перед войной испытаний "составного"  самолета английской фирмы "Шорт" -  "Майо" S.20/S.21. Он предложил эту схему  РЛМ в 1941г, но Технический департамент  отклонил ее на том основании, что для нее  нет практического применения. Hо в 1942г.  Фриц Штамер из немецкого  исследовательского планерного  института разработал серию "хуккепакк",  предусматривающую исследования  возможности буксировки планера  самолетом, укрепленным на спине носимой  машины.

  Для испытания этой схемы "Клемм" Кl.35  или "Фокке-Вульф" Fw.56 крепились над  планером DFS.230. Позже испытывался вариант  с Вf.109e. Успешность испытаний позволила  воскресить идею Гольцбауера, и в начале  1943г. Технический департамент предложил  изготовить опытный самолет.

  Разработка подходящей конструкции  крепления управляемого самолета  проводилась в планерном институте на  базе "хуккепакк". Это были две  стальные стойки, укрепленные над  центропланом Ju.88 по обе стороны фюзеляжа  и сходившиеся под фюзеляжем  управляемого самолета вместе с V-образной  стойкой от фюзеляжа носителя, образуя  два треножника. Верхние точки  треножников крепились к главному  лонжерону истребителя. Еще одна  подпружиненная стойка шла к хвостовой  части истребителя. Когда пилот  освобождал верхний самолет, задняя  стойка откидывалась назад вдоль  фюзеляжа. При касании последнего  срабатывал замыкатель, который приводил  в действие систему отцепки основных  креплений на треножниках. Таким образом  предотвращался возможный удар  хвостовой части истребителя о заднюю  стойку.

  Опытный вариант был разработан на базе  Ju.88a-4 и "Мессершмитта" Bf.109f. Hижняя  часть "этажерки" получила  обозначение "мистель" Связь такой  схемы с предыдущей "хуккепакк" была  очевидна. Эта комбинация еще называлась  "отец и сын", но имя "мистель"  неизменно использовалось для  обозначения беспилотного самолета-носителя.  Когда в июле 1943г. "Юнкерс" получила  указание переоборудовать 15 Ju.88a в "мистели",  эта система получила кодовое  обозначение "Бетховен". Испытания  опытного образца прошли успешно. Работы  по "Бетховену" в 1944г. были  переведены в Hордхаузен, где пилоты  специальной эскадрильи IV/КG.101 проходили  переподготовку вместе с испытателями  "Юнкерса".

  Первый вариант - "Мистель"-1  представлял собой связку Ju.88a-4 и Bf.109f-4.  Первые образцы еще получили литеру "S"  - "учебные". Все "мистели"  первоначально летали с обычной носовой  частью, из кабины которой снималось  почти все оборудование, и в которой  размещались два члена экипажа. Вся  носовая часть могла легко отделяться за  счет быстросъемных болтов и заменяться  на 3800кг боевую часть с кумулятивным  зарядом. Эта боеголовка была успешно  испытана на старом французском линкоре-цели  "Ошен" во второй половине 1943г.  Проводились опыты и по поражению  фортификационных сооружений. При этом  тонный стальной стержень кумулятивного  ядра пробивал 20м бетон. Окончательные  испытания боеголовки проводились в  Пенемюнде с апреля по май 1944г. Уже в  следующем месяце спец-эскадрилья IV/КG.101  прибыла в Дезиер для использования "Мистелей"-1  против десанта союзников.

  "Мистель"-1 напоминал первый  опытный образец, за исключением  некоторого усиления стоек.  Предусматривались два основных приема  боевого использования. При первом взлет  и полет к цели осуществлялся только при  работе двигателей нижнего самолета, а  двигатель верхнего самолета запускался  только вблизи цели. Второй способ  предусматривал использование  совместной работы моторов двух машин, а  питание бензином верхнего самолета шло  из баков нижнего. Когда связка достигала  цели, пилот переводил ее в пологое  пикирование. Hа безопасной дистанции  истребитель отцеплялся, а беспилотный  самолет пикировал на цель.

  IV/КG.101 под командованием капитана Хорста  Рудата на момент прибытия в Дезиер имела  пять "Мистелей"-1. Первый боевой  вылет был совершен 24 июня 1944г, когда в  воздух был поднят один из них. Вылет не  удался, так как истребителю пришлось  отцепиться еще до цели из-за появления  ночного истребителя "Москито".  Вскоре после этого в ночную атаку на  суда союзников в заливе Сены были  брошены все четыре оставшихся "Мистеля"  под прикрытием истребителей Вf.109g. Атака  была осуществлена при свете  осветительных ракет, но результаты не  удалось пронаблюдать из-за дыма горящих  судов. Разведка на следующий день  показала, что все цели были поражены, но  ни одно судно не затонуло.