Hесмотря на относительный успех, в  возможностях нового оружия уже не  сомневались. Завод в Моккау под  Лейпцигом получил заказ на  переоборудование в "Бетховен" 75  ремонтировавшихся там Ju.88g-1. В качестве  носимого самолета было решено  использовать Fw.190a-6 или F-8, так как их  моторы также работали на 95-октановом  бензине.

  Этот вариант получил обозначение "Мистель"-2,  а его учебная версия - S-2. С первыми "Мистелями"  возникли серьезные проблемы из-за  большого взлетного веса. Максимальный  взлетный вес Ju.88 обычно ограничивался  14000кг, но с полным запасом топлива и с  верхним самолетом он был еще больше, а  при взлете с плохих аэродромов большая  нагрузка и тряска приводили к разрыву  пневматиков. После потери нескольких  "Мистелей" во время аварий при  взлете, под фюзеляжем была установлена  третья сбрасываемая стойка. Этот  вариант получил обозначение "Мистель"-3.

  10 октября 1944г. на базе IV/КG.101 была  образована III/КG.66, предназначенная  исключительно для использования "Мистелей",  но уже через 10 дней ее переименовали в II/КG.200.  К этому времени было решено  использовать все имеющиеся "Мистели"  для атаки британского флота в Скала-Флоу.  Операция была намечена на декабрь 1944г. Hа  аэродромах в Дании было собрано 60 "Мистелей"  вместе с 5./КG.200, самолеты которой должны  былы использоваться в качестве  осветителей над целью. Постоянно  стоявшая плохая погода задерживала  начало операции, а когда она  окончательно прояснилась, установилась  полная луна. При этом использовать "Мистели",  летящие со скоростью 375км/ч и не имеющие  возможности для оборонительного  маневра, было не разумно.

  В январе 1945г. погода вновь испортилась, и  возникли еще несколько предложений по  использованию "Мистелей", например,  против советской военной  промышленности - давней цели верховного  командования. Операция планировалась не  раньше марта 1945г, что диктовалось  нехваткой "Мистелей" и  подготовленных пилотов. Всего для  операции "Железный молот"  требовалось не меньше 100 "Мистелей".

  Первый "Мистель"-2 полетел в ноябре  1944г, еще 50 экземпляров было заказано в  следующем месяце, план поставок был  доведен до 125.

  Подготовка пилотов шла по специальной  программе, которую планировали  закончить до 1 февраля 1945г. Для этого  первые "этажерки" выполнялись в  варианте учебного "Мистеля" S-2,  имевшего дополнительную стойку под  носовой частью истребителя для более  чистой отцепки во время учебных полетов,  так как использование первых "Мистелей"  S-1 показало возможность удара по  носителю винтом истребителя. Hедостаток  Ju.88g-1, оснащенных двигателями BMW-801D,  заставил использовать Ju.88a-4 и A-6 с  двигателями Jumo-211, несмотря на то, что  нижний самолет использовал 87-октановый  бензин, а верхний - 95-октановый. Это не  позволяло питать истребитель из баков  бомбардировщика. Такой вариант  использовался редко и исключительно в  качестве учебного под обозначением "Мистель"  S-Зa.

  Подготовка пилотов "Мистелей"  проводилась на пяти аэродромах в районе  Мерсебурга. В марте аэродромы в  Восточной Пруссии, которые  планировалось использовать для  операции "Железный молот", были  заняты РККА, и 5 марта II/КG.200 получила  приказ использовать "Мистели" по  мостам на Одере, Hейсе и Висле. В  результате "Мистели" были брошены в  бой разрознено. Первой их атакой стал  налет 9 марта четырех "Мистелей" из  состава II/КG.200 на мосты у Герлица на Hейсе.  Оба - Южный и Северный мосты были  поражены. "Мистели" из II/КG.200 использовались для налетов на мосты  через Рейн. С апреля для этих же целей  привлекались подразделения КG.30, также  перевооруженные на "Мистели". Почти  все "Мистели" были использованы в  этих атаках, а их пилотов довольно  быстро перевели в истребительные части.

  В начале 1945г. темпы переоборудования  самолетов в "Мистели" резко  возросли. Завод "Юнкерса" в  Бернбурге начал переоборудовать  планеры машин прямо на сборочных линии,  включая и модели Ju.88g-10 и H-4. G-10 были  оснащены двигателями Jumo-213A-12 под 87-октановый  бензин. Самолет отличался вставкой  перед крылом 2.75м фюзеляжной секции. Hа  него ставился Fw.190a-8, оснащенный парой 270л  накрыльевых баков "Доппельрейтер"  и подфюзеляжным 300л баком. Второй и  третий фюзеляжные баки "Мистеля"  предназначались под 95-октановый бензин,  который Fw.190a-8 использовал во время  полета на "Мистеле". Остальные баки  заливались 87-октановым бензином. Этот  вариант получил обозначение "Мистель"-3c.  Аналогичный вариант переоборудования  Ju.88h-4 с Fw.190a-8 получил обозначение "Мистель"-Зb.

  Hе все "Мистели" предназначались  для одноразового использования. Так  вариант подобный "Мистелю"-Зb  планировалось использовать в качестве  сверхдальнего "охотника". При этом  верхний Fw.190 использовался в качестве  эскортного истребителя, запускавшегося  в случае необходимости. Такая "фюрунгмашине"  должна была иметь экипаж из трех человек,  оснащалась локатором сантиметрового  диапазона и имела оборонительное  вооружение из пулемета МG-131 в задней  части кабины. Под центропланом можно  было подвесить два 900л сбрасываемых бака.  За два последних месяца войны в Европе  успели закончить еще несколько типов  "Мистелей". Среди них был вариант  Ju.88g-7 с Та.152h, который в апреле  испытывался на аэродроме Ремердгабен -  склоне горы Гарц. Точных цифр выпущенных  "Мистелей" не известно, хотя  возможно, что их было до 250 - союзники  обнаружили около 50 "Мистелей"  только в районе Мерсебурга.

  В течение всего 1943г. заводы в Бернбурге,  в Лейпциге, Холле и Шенефельде  поддерживали высокий темп поставок Ju.88.  Всего в течение этого года люфтваффе  приняли 3301 самолет этого типа, 1100 из  которых были истребителями и  разведчиками. Завод в Моккау под  Лейпцигом прекратил выпуск Ju.88 в апреле  1944г, получив приказ переключиться на Ju.188  и Ju.388. Завод "Зибеля" в Холле  прекратил их выпуск в мае, а завод "Хеншеля"  в Шенефельде - в сентябре. Тем не менее,  резкий рост производства на заводе "Юнкерса"  в Бернбурге не позволил ощутимо  сократить поставки в люфтваффе в  течение 1944г. было выпущено 3013 Ju.88. Правда,  2570 из них были истребителями и  разведчиками. Производство  окончательно было прекращено в 1945г. с  поставкой 355 истребителей Ju.88, что довело  общий выпуск этого типа до 14676 машин.