Когда генерал-лейтенант Вальтер Вефер - первый глава штаба ВВС -  добился разработки спецификаций на  дальний тяжелый бомбардировщик "уралбомбер",  он встретился с довольно мощной  оппозицией части планового отдела штаба,  оспаривавший необходимость такого  самолета для только что возрожденных  немецких ВВС. Сомнения в этом задании  были и в Техническом департаменте  министерства авиации, когда он летом 1935г.  выдавал заказ на "уралбомбер" "Дорнье"  и "Юнкерсу". После гибели Вефера вся  программа "уралбомбера" была  прекращена. Hо Технический департамент  протестовал, полагая такое решение  близоруким. При этом обращались  непосредственно к Герману Герингу,  ожидая от него поддержки. Однако Геринг  хорошо знал, что вместо двух  четырехмоторных бомбардировщиков можно  выпустить три двухмоторных, а Гитлер в  первую очередь спрашивал с него сколько  имеется бомбардировщиков, а не какие они  большие. В результате Геринг подтвердил  прекращение программы "уралбомбера".

  Летом 1935г. "Дорнье" и "Юнкерc"  получили спецификации на дальний  тяжелый бомбардировщик и отнюдь не  разделяли первоначальных опасений в  отношении "уралбомбера" В начале  осени было заказано по три опытных  самолета, получивших обозначение Do.19 и Ju.89.  Hа "Юнкерсе" работу по Ju.89 вел Эрнст  Циндель, широко использовавший опыт,  полученный при создании Ju.86. В  конструкции использовался дюраль, а для  нагруженных узлов хромо-молибденовая  сталь. Фюзеляж представлял собой  монокок квадратного сечения, усиленный  шпангоутами и стрингерами, с  эллиптическим гаргротом сверху. Крыло  состояло из пяти секций. Центроплан  выполнялся за одно целое с фюзеляжем и  имел пять лонжеронов. Внутренняя секция  консоли имела пять основных и два  вспомогательных лонжерона, а внешняя -  четыре основных и три вспомогательных.  Закрылки были типа "двойного крыла  Юнкерса" и состояли из двух секций.  Основные стойки шасси убирались  гидравлически в заднюю часть  мотогондолы.

  Силовая установка состояла либо из  четырех двигателей "Юнкерса" Jumo-211А,  либо четырех "Даймлер-Бенц" DB-600A - 12-цилиндровых, жидкостного охлаждения.  Предусматривался экипаж из девяти  человек: двух пилотов, радиста,  бомбардира-бортинженера и пяти стрелков.  Оборонительное вооружение состояло из  одного пулемета в носовой части  фюзеляжа, такого же пулемета в хвостовой  установке и пушек в верхней и нижней  управляемых гидравлически двухместных  башнях. В бомбоотсеке на вертикальной  подвеске можно было разместить 16*100кг  или 32*50кг бомб.

  Первые два опытных самолета - Ju.89-V1 и V2  уже находились в высокой степени  готовности, когда 3 июня 1936г. генерал-лейтенант  Вефер погиб в авиакатастрофе.  Преждевременная смерть главного  сторонника тяжелых бомбардировщиков  привела к приходу на его пост Альберта  Кессельринга, который выступал против  строительства стратегической авиации  на данной стадии развития люфтваффе, что  шло в ущерб тактической авиации - это  стало главной причиной прекращения  работ по Ju.89 и его конкуренту Do.19. Тем не  менее, настойчивые требования  Технического департамента в лице  инспектора бомбардировочной авиации  генерала Курта Пфлюгбейля позволили  продолжить работы над опытными машинами.  Одновременно была пересмотрена вся  программа "уралбомбера". Циндель  испытывал сомнения в возможности  продолжения программы "уралбомбера",  так как пересмотр требований привел в  ноябре 1936г. (всего за несколько недель до  первого полета Ju.89-V1) к появлению новых  спецификаций к так называемому  бомбардировщику "А". В результате  главный конструктор сделал запрос на  использование узлов Ju.89-VЗ для  изготовления коммерческого  транспортного самолета. Через пять  месяцев программа "уралбомбера"  была окончательно прекращена.

  Ju.89-V1 (D-AFIT) полетел в декабре 1936г. Он был  оснащен четырьмя двигателями Jumo-211A  мощностью 1075лс при 2300 оборотах и винтами  "Юнкере-Гамильтон". Во время  испытаний выявилась некоторая курсовая  неустойчивость. Поэтому шайбы оперения  увеличили по площади. Одновременно под  внешними двигателями были установлены  дополнительные воздухозаборники. Ju.89-V2 (D-ALAT)  приступил к испытаниям в начале 1937г. Он  отличался установкой четырех  двигателей DB-600A мощностью по 960лс при 2350  оборотах и винтами VDM. К этому времени  уже начались работы по переделке  третьего Ju.89-V3 в транспортный Ju.90. VЗ  должен был получить макеты двухместных  башен "Маузера", и они уже были  смонтированы на самолете, когда от РЛМ  поступило разрешение на использование  крыльев, двигателей, шасси и оперения  для выпуска Ju.90-V1.

  Летные испытания Ju.89-V1 и V2 продолжались  до официального прекращения программы 29  апреля 1937г. Оба послужили для испытаний  в рамках работы по коммерческому  самолету. Летом 1938г. на Ju.89-V1 были  установлены два рекорда по поднятию  грузов на высоту (5000кг на 9318м и 10000кг на  7246м), хотя утверждалось, что рекорды  установлены на Ju.90-V1. Hа самом деле Ju.90-V1  разбился 6 февраля - четырьмя месяцами  раньше во время проведения испытаний на  флаттер. Для этого в хвостовой части  установили вспомогательный двигатель  на 400л.с, приводивший в действие вибратор.  Именно потеря управления над ним  привела к неуправляемому  колебательному режиму и аварии. Позже  опытные самолеты были переделаны в  транспортные и в таком виде  использовались во время высадки в Hорвегии  в составе КG.z.b.V.105.